数十年后，轩辕带领人族强者彻底将妖魔鬼三族全部驱逐出了九州大地，他更是将魔界通往九州的入口给封印了起来，而妖界和鬼界通往九州的入口却是没有封印，毕竟魔族不同于他种族，魔族中人个个凶残之极，狡猾，贪婪，没有一丝善念，心中只有掠夺和侵略。
而妖族和鬼族中人却是有善有恶，轩辕也不希望九州人族没有了外族的入侵，就变得腐败，将仁义，大爱，礼义廉耻丢弃，这是为人的根本，没有了这些，与畜生无异，妖族和鬼族族是他为九州留下的警示，他要让人族明白，危机并没有解除，永远都存在着。
轩辕的修为也已经达到巅峰，加上他身为人皇，助九州人族度过大劫，拥有庞大的功德，他以功德成就了仙体，只要他想，他就可以飞升到天界，享受长生，可他心里明白，魔神蚩尤并还没有彻底被他灭掉，他有一滴精血逃走了，即使他将他逃走的元神一分为二，成为了两道残魂，可在不久的将来，他还是会重生，所以他必须留下后手对付他。
他准备用剩余的九州之金炼制出一把可以诛杀蚩尤的神器，可是这一切都出乎了他的意料之外，当他所打造出一把绝世神剑即将出世之日，天道有所感应，降下一道先天杀机，融入了他所炼制的神器之中，一时间，九州天空出现一片血红，更是出现了两个大字，诛仙，南斗六星齐现，九州大劫所产生的杀伐之气，煞气，怨气等一切负面能量全部都被吸入神器之中。
“怎么会这样？”轩辕眼神有些呆滞的看着他所铸造的神器，不，应该说是绝世凶器，他立即开始演算，他想知道，天道为何要降下一道先天杀机融入他所炼制的诛仙剑中，可这一算，却是让他明白，诛仙剑应运而生，是一件绝世的杀伐之剑。它一面有着妖魔的图案，另一面有着人仙图案，预示着这把剑可诛杀一切。
“咻！”突然，诛仙剑发出了一道剑气，这道剑气蕴含了先天杀机，杀机一处，已经千疮百孔的九州再出掀起了杀戮，修炼之士心魔丛生，意志不坚者，坠入魔道。与九州相邻的荒古之地中的人族开始大举进攻九州，荒古之地乃是洪荒碎片，保留了洪荒的一些样貌，其中猛兽无数，其中更是生活着不少远古先民，被称为蛮人，虽同为人族，可他们不受教化，屡次挑起与九州中人族的战争。
自轩辕一统九州后，蛮人不再入侵九州，可蛮人好战，受先天杀机的影响，他们再次入侵九州。
“天地无极，乾坤借法，封。”轩辕再次借用九州龙脉之力，一条巨大的金龙盘旋，朝诛仙剑一口吞去，可诛仙剑却是射出了一道道惊天的杀伐剑气，更是携带了先天杀机，金龙与先天杀机对抗，无法将之封印。
金龙乃是九州龙魂所化，属于人界，而先天杀机为天道所化，天道统御天地人三界，金龙如何能够对抗先天杀机。
就在金龙将溃散之际，轩辕取出了轩辕剑，“去。”他用法力，将轩辕剑打入了诛仙剑内，以轩辕剑联合金龙之力封印了诛仙剑。
而金龙的出现，自然引起了不少人的注意，这些人都知道人皇轩辕即将飞升，金龙的出现，代表着他已经飞升成仙，金龙是来迎接他进入天界的，留下了一段关于轩辕黄帝乘龙飞升的传说。
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